Som et led i specialistuddannelsen har Birgitte været ansat på forskellige børneafdelinger i Hovedstaden, og siden 2016 har Birgitte været overlæge på Hillerød Børne- og Ungeafdeling. Birgitte leder Overvægtsambulatoriet og arbejder ligeledes med børneendokrinologi.

Birgitte er lægelig visitator i Julemærkefonden samt medlem af Julemærkefondens bestyrelse.